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輔助操作系統的制定主要是為了更好地確保在線監控系統的持續平穩的運作，它需要依據施工現場具體情況的變動而作相對的調節。總的來說有下列一些領域需要留意：
（1）管路的清洗：水質在線連續監測系統介紹因為管路中殘存的污漬及其因而而滋生的水藻會對水質采樣導致環境污染，因此要對管路開展定期按量的清理，清洗的方法和內容各種各樣，總體目標全是為了確保水質采樣的真實度和象征性。
（2）電力的保障：電力工程的平穩立即影響到儀表剖析的精確性和持續性，因而首先盡量挑選穩定性的溝通交流電力網以供連接；次之，在交流電流進到全自動檢測系統前，必須對電流再度整流器，便于解決突發電流不穩狀況的產生；假如需要得話，可以配置后備電源以供斷電時在線監控系統軟件的正常的運作。
（3）預防雷擊：防雷關鍵分成站房防雷、開關電源防雷和通信防雷，當遭受遭雷擊時電流首先穿透防雷器以實現維護儀表及操作系統設施的目地。這一點在雷雨高發的地方尤為關鍵，當產生雷雨后工作員要盡早查驗防雷器的情況，如毀損要立即拆換。
（4）調節溫濕度：合適的溫度和環境濕度針對儀表的平穩運作也很重要，這一部分作用關鍵由中央空調和除濕設備來完成。
